首先，空气的湿度不代表愈高愈好。以冬季为例，人体感觉比较舒适的湿度是50%至55%左右，如果湿度太高，人会感到胸闷、呼吸困难，因此加湿要适中；若过犹不及，如湿度超过90%，反而会令人体呼吸系统和黏膜産生不适，降低免疫力，会诱发流感、支气管炎等病症。

要注意的是，若家中有关节炎及糖尿病患者，其实并不适合用空气加湿器，因为潮湿的空气，会加重这两种疾病的病情。若该类病人确实需要使用加湿器以降低呼吸道并发症的发生，事先亦应与专科医生沟通，以了解合适的湿度，稳定原发病的病情。

即使健康的人士使用加湿器，亦要慎防「加湿性肺炎」，这是因为加湿器经长时间使用后，没有得到定期清理，加湿器内的积聚的霉菌等微生物，随着雾气进入空气，再被吸入人体呼吸道中，令户主感染细菌，有机会患上加湿性肺炎。由此可见，如果加湿器使用不正确，不但未能有效净化空气，甚至会增加患病风险。

值得留意的是，将自来水加入加湿器，是绝对错误的操作。首先是自来水硬度较高，亦含有矿物质，会对加湿器的蒸发器造成损害，而且自来水中的氯原子、杂质和细菌等微生物，有可能随水雾吹入空气造成污染。因此，在啓动加湿器前，最好注入纯净水，如未能使用纯净水，使用樽装蒸馏水或煮沸后摊凉的食水亦可。

另外，加湿器的日常保养相当重要，首先是必须每天换水。根据美国环保署发表的报告，最好三天就清洗一次加湿器，清洗时用软毛刷、配合肥皂和温水轻轻刷洗，将水箱装水后晃动几次倒掉即可。