首先，空氣的濕度不代表愈高愈好。以冬季為例，人體感覺比較舒適的濕度是50%至55%左右，如果濕度太高，人會感到胸悶、呼吸困難，因此加濕要適中；若過猶不及，如濕度超過90%，反而會令人體呼吸系統和黏膜産生不適，降低免疫力，會誘發流感、支氣管炎等病症。

要注意的是，若家中有關節炎及糖尿病患者，其實並不適合用空氣加濕器，因為潮濕的空氣，會加重這兩種疾病的病情。若該類病人確實需要使用加濕器以降低呼吸道併發症的發生，事先亦應與專科醫生溝通，以瞭解合適的濕度，穩定原發病的病情。

即使健康的人士使用加濕器，亦要慎防「加濕性肺炎」，這是因為加濕器經長時間使用後，沒有得到定期清理，加濕器內的積聚的黴菌等微生物，隨着霧氣進入空氣，再被吸入人體呼吸道中，令戶主感染細菌，有機會患上加濕性肺炎。由此可見，如果加濕器使用不正確，不但未能有效凈化空氣，甚至會增加患病風險。

值得留意的是，將自來水加入加濕器，是絕對錯誤的操作。首先是自來水硬度較高，亦含有礦物質，會對加濕器的蒸發器造成損害，而且自來水中的氯原子、雜質和細菌等微生物，有可能隨水霧吹入空氣造成污染。因此，在啓動加濕器前，最好注入純淨水，如未能使用純淨水，使用樽裝蒸餾水或煮沸後攤涼的食水亦可。

另外，加濕器的日常保養相當重要，首先是必須每天換水。根據美國環保署發表的報告，最好三天就清洗一次加濕器，清洗時用軟毛刷、配合肥皂和溫水輕輕刷洗，將水箱裝水後晃動幾次倒掉即可。